João Gonçalves Zarco foi um navegador português dos séculos XIV e XV. Foi o descobridor da ilha de Porto Santo, em 1418, juntamente com Tristão Vaz Teixeira. Mais tarde atingiu a Ilha da Madeira.

Quando a ilha foi repartida em capitanias, com o objectivo de se proceder ao seu povoamento e ao aproveitamento dos seus recursos, coube a João Gonçalves Zarco a capitania do Funchal. 
Na qualidade de fidalgo da casa do infante D. Henrique, Zarco participou no cerco de Tânger, onde foi armado cavaleiro, em 1437. Tendo escapado dessa expedição, dedicou-se à construção de navios na Madeira. Os navios eram enviados ao Infante para serem usados nas suas expedições e descobertas para além do Cabo Bojador. 
A data da morte de João Gonçalves Zarco é incerta, mas julga-se que terá ocorrido em 1467, deixando uma descendência que foi o tronco de algumas das mais nobres famílias portuguesas.